男鹿線の列車は秋田車両センターのキハ40・48で運転される。秋田新幹線の開業に伴い塗色が変更され,白神山地の山並みと緑をイメージした上の写真のようになった。 男鹿線で運用される車両は車内のバリエーションが豊富である。 まずは,キハ40 500番台・キハ48 500番台・同1500番台の原型であるデッキ付きセミクロスシート。現在では冷房改造・リニューアル工事が行われている。 キハ40 500番台の一部車両はワンマン運転に対応するための改造が行われている。これにより客室デッキや乗務員室ドアは撤去され,運賃表・運賃箱・整理券発行機が設置されている。また,キハ40 2000番台はもともとデッキはない。(写真は五能線運用車のものだが,運賃表を除いて同仕様となっている。)
キハ40 500番台・キハ48 500番台・同1500番台の一部車両の車内はロングシートに改造されている。オリジナルのロングシート部分とは異なりバケットシートとなっており,クッションはやわらかく座り心地はよい。車両中央部の吊り手は長さが長短交互に配置されている。 男鹿線・秋田−男鹿間で1〜6両編成で運転される。2009年3月改正までは朝の上り1122Dは7両編成で運転されていた。ロングシートのキハ48は2両組で運用が区別されている。
ワンマン運転も実施しているが,本数は少ない。その際はワンマン改造されたキハ40が使用される。
2004年夏ごろから,車外ドア横には男鹿の「なまはげ」のステッカーが貼られている。加えて,行先サボにもなまはげが入った特製のものとなっている。また,五能線の車両と同様にワンマン運用車の上り方屋根上にはNTT無線電話のアンテナが追加で設置されている。
2006年12月頃から,優先席部分の明確化のため,優先席付近に設置された吊り手をオレンジ色のものに変更している。2008年3月頃までに他地区と同じ吊り手に再度交換された。写真は当初のもの。
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