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木に擬態していたマゾーン（声：つかせのりこ［27話]）
＜9話、27話＞

　9話『戦慄の植物生命体』ではマゾーンは植物生命体ということが判明して、アマゾンのジャングルに踏み込んだハーロックと台羽正に木々から分離して無数のマゾーンとなって襲いかかる。
（いくら美女に囲まれているといってもこういう状況ではご勘弁…？！）
このエピソードは原作でも登場。
27話『アルカディア号の意志』では、森で狩りをしていた切田長官を襲い、まゆについての情報を探り出す。

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ヌレーム（声：つかせのりこ）
＜5話、6話＞

　第6721空間突撃隊白兵戦指揮官。
まだマゾーンの正体がよくつかめていないハーロック達に戦闘の末捕虜にされたが、所属と名前を名乗るとアルカディア号の装甲室で自爆。
　だが彼女の最後の言葉によって、ハーロック達は初めてマゾーンには女王ラフレシアという存在があることを知ることになる。
　原作でも同じエピソードで登場。（ただしこちらの所属は第6789211空間突撃隊となっている。）

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メゾン（声：つかせのりこ）　
＜8話＞

　ハーロックの部屋に空間四次元投影で突如現れた女王ラフレシアの使者。
女王の警告をハーロックに伝えるが、メゾンの実体が乗っている小型宇宙船を破壊され消滅する。
　原作でもこのエピソードがあるが、メゾンの姿は違っている。

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舎監（声：つかせのりこ）　
＜2、7話＞

原作にはないオリジナルキャラクター。
　ロマンアルバムなどによると本名は根民筋子というらしい。（？）
まゆが預けられている聖ジョバンナ学園の舎監だが、2話では切田長官の作戦でハーロックを罠にかける為の協力を断ったまゆを、まるでこれが本職とばかり陰険にいじめるのである。
　その報いか、7話ではハーロック達が開発したマゾーン探知機によりマゾーンと見破られ、ハーロックによって倒される。

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地球で一般市民に紛れ込んでいたマゾーン
（セリフのあるマゾーンの声：つかせのりこ）　
＜7話＞

　地球の大都市にマゾーンが多く潜入していることが判明したハーロック達は、黒装束に身を包み、一般市民の中に無数に紛れ込んでいるマゾーンを暗殺して回る。
しかしハーロック達の他は、身近にいて普通に生活している女が誰もマゾーンとは気がついておらず、完全に倒すことはその数が多いため難しい。
名も出てこないマゾーン達だが、非常に戦慄すべき存在である。
　原作にもこのエピソードがあるが、そこではアニメと違ってハーロックは黒装束マゾーン暗殺団に参加していない。（そのかわりアニメでは加わっていなかったミーメがアクティブに活躍。）

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サキ
（声：野村道子）　
＜16話＞

　有紀螢の元恋人・片桐一也が田舎から呼んだ妹と偽って螢の前に現れる。
足が不自由なまだあどけないかわいい少女という容姿のせいか、さすがの螢もマゾーンと見抜けず、まんまと彼女の罠にはまってしまうことに…。
　魔女アマンとの戦いでひとりでに動いたアルカディア号の秘密を探るべく、片桐一也を操り、命令し、螢を厳しく尋問するさまは、声もかわいく容姿も幼いだけに空恐ろしい。
一片の心さえ感じさせない彼女の言動は冷徹な戦士マゾーンそのものである。
　一也を撃った後の無防備な螢の背中を狙って銃の引き金をひこうとするが、その瞬間ハーロックに撃たれて青い炎となった。

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アマン
（声：坪井章子）　
＜13話＞

　地球から発信されている第3番目の信号の謎を追って船の墓場といわれるサルガッソー海に着水したアルカディア号を、1000年以上も前の潜水艦伊号や武蔵の幽霊船を操って攻撃させる。
　その魔の海域深くに存在する魔城<マゾーンの海底基地>に住み（というか一体となっている？）、やってきたハーロック達を1日が1年に相当する時間の流れに引きずり込み絶体絶命の窮地に追い込む。
　だが、人間は皆眠ってしまった筈のアルカディア号から思わぬ攻撃を受け、消滅してしまう。
　原作のエピソードを味付けしたストーリーで登場した、アニメだけの全くのオリジナルキャラクターである。

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亜希
＜17話＞

　魔地機関長の妻。魔地の回想シーンで登場。
昔魔地はアルカディア号に乗る前、地球連邦宇宙海軍に所属していたが、ある日亜希が行き倒れになっていたところを助けたという縁で結婚する。
記憶喪失で自分の名前以外は何も思い出せないという謎の女だったが、魔地にとっては幸せいっぱいのよき家庭の妻。
　だが実はマゾーンの正体を少しでも知ろうとする天文学者などを暗殺していた特別工作員のマゾーンの一人だった。
　その正体を見破った魔地の上司、山中艦長を殺そうとして逆に倒されてしまう。

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パトラス［ミドリ］
（声：麻上洋子）
＜17、18話＞

　第6789空間突撃隊指揮官。
昔マゾーンに連れ去られた魔地機関長の幼い娘（と彼が信じ込んでいた）・ミドリの成長した姿。
アルカディア号の謎の42人目の人物を探るべく、部下を率いて幻影戦士（シャドウソルジャー）としてアルカディア号の中に現れる。
だが結局実体であることが発覚し、小型艇で逃げ去るが、後を追ってきた魔地にマゾーン艦内で父を必要としないマゾーン生命体の誕生を見せるのだった。
　ようやく娘の誕生から全てが偽りだったと知り、娘への思いの決別を決心した魔地機関長によるアルカディア号の攻撃で、マゾーン艦もろとも倒される。

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ヒステリアス
（声：中谷ゆみ）
＜8話＞

　銀河系永久基地第７艦隊司令。
ハーロックの前に現れた女王ラフレシアの使者、メゾンの空間四次元虚像を送り込んだ装置を積んだ艦のパイロットだったが、アルカディア号に破壊されたため捕虜にされた。
所属を名乗っただけでマゾーンの秘密をばらしてしまうことになってしまったという哀愁のマゾーン。
帰る場所のない彼女はハーロックによってボートを返され釈放されるが、マゾーンを許すことのできない台羽に撃墜される。

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ローラ
（声：小山茉美）
＜10、11、12話＞

　第一線基地付士官。特別攻撃宇宙艇隊隊長。
原作の金星の遺跡を発見し、マゾーンの謎を追うエピソードと、アニメオリジナルストーリーを組み合わせた連続3話に登場したオリジナルキャラクターで、台羽正を翻弄する魔性の女戦士として登場。
アレルギアス司令配下の優秀な精鋭部隊の隊長で、一度宇宙戦の直接対決で台羽正も彼女に敗れる。
その後、隕石にぶつかり漂流していたマゾーン母艦の中から、ただ一人生存者として発見され、アルカディア号の捕虜となった。
だが、ハーロックによって身柄を預けられた台羽に死んだ母の幻影を見せてアルカディア号の構造を手に入れ、まんまと脱出に成功。
　そして再び台羽と戦闘機で対決するが、母の幻影を乗り越えた台羽に敗れ、哄笑と共に消えていった。

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アレルギアス
（声：中谷ゆみ）
＜10、12話＞

　金星第一線基地司令。ローラの上官にあたる。
9話「戦慄の植物生命体」でハーロック達を襲った、アマゾンの樹海のマゾーンと同と同じ種族だったため、ハーロックに復讐するべく女王ラフレシアに願い出て戦いを挑む。
　最初はローラの活躍により戦闘機戦で勝利するが、母艦での戦いでアルカディア号の海賊戦法（ラム戦）の前に敗れる。
そして今度は第一線基地でもある古代戦艦ピラミッダをもってローラが盗み出したアルカディア号の死角を攻めて戦うが、やはりまたもやラム戦の前に敗れ去ってしまう。

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アキアス
（声：中谷ゆみ）
＜19話＞

　女王ラフレシアの命で、アルカディア号に何人乗組員がいるか精神センサーを送りこんで調べて、謎の42人目の人物の存在を確認し、女王に報告する。
マゾーンの大型宇宙空母ゾネスの艦長で、アルカディア号を葬り去らんと馬の首星雲までやってきたハーロック達に罠をしかける。
強力な磁場と人工彗星を使いマグマたぎる新惑星群へ引きずり込もうという作戦で、あわやさすがのアルカディア号も窮地に追い込まれるが、デスシャドウ島を使ったハーロックの英断によりその罠を打ち破られる。
最後、空母ゾネスでアルカディア号に戦いを挑むが敗れ、航行不能になったゾネスごと新惑星のマグマの中に墜落してしまう。

sleeping

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海底ピラミッドの眠れるマゾーン
＜7話＞

　宇宙から地球を見ていたアルカディア号では、奇妙なことに地球が縦半分に割れズレて見えることに気づき、そのズレの中心バミューダ海域へ調査へ向かう。
そこには、海底の泥に埋もれてマゾーンの象形文字の描かれたピラミッドがあった。
ハーロックが単身そのピラミッドの内部に侵入し中心へ進んでいくと、そこには輝く球体があり、その中にマゾーンの大艦隊を地球へと導く眠れるマゾーンの姿があった。
その姿を見てハーロックは呟く。「マゾーンとはこんなに美しい生き物なのか…」と。
そしてハーロックは（アニメ版では後で乗組員に非難されたが）異境で永遠の眠りにつき同胞を導いているこのマゾーンに敬意を表しそのままにして立ち去ったのだった。
原作ではこのマゾーンがそういう敵ながらも敬意を表したハーロックの心に反応したかのようなエピソードが描かれている。

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エルザ
（声：信沢三恵子）
＜23話＞

　アルカディア号を襲った特別攻撃隊のパイロットで、 ハーロックの作戦により編成のカギであるエルザの機が攻撃された為、隊が崩れ壊滅的な打撃を受けてしまう。
しかし捕虜にしようとやってきたヤッタランを逆に捕虜にして空母に連れてかえったり、ヤッタランのプラモ好きを利用してアルカディア号の秘密を探ろうとする強かさを持つマゾーン。
　しかし、最期はハーロックらと共にヤッタランを救出しに来たミーメに倒される。

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巨大母艦司令
（声：坪井章子）
＜23話＞

　エルザの上官。巨大母艦司令で名前は不明。
エルザがヤッタラン副長を捕虜にして連行したとき副長と会見する。
顔の右側に大やけどの跡があり、それを長い髪で隠しているという、美しい顔に傷一つないマゾーンばかりの中で謎めいた暗い過去を感じさせる少し異色のキャラクター。
エルザにヤッタラン副長からアルカディア号の秘密を探り出すよう指示をするが結局間に合わず、白兵戦で乗り込んできたアルカディア号の乗組員達に倒されてしまう。

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スノーラ
（声：潘恵子）
＜15話＞

　地球の北極の地にあるマゾーンの基地でただ独り、ハーロックが来るのを長い間待ち受けていたというマゾーン。
ハーロックを殺すことだけを考えあまりにも待ち続けてきた為、その思いがつのりすぎいつの間にか敵を愛してしまう。
しかし、ハーロックを探して現れたミーメに愛する者を賭けた戦いの末敗れる。

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ミユ
（声：つかせのりこ）
＜28話＞

　ユリシーズ星雲の中の「人間の星」で誘拐されたまゆを求めて訪れたハーロック達を罠にかけようと待ち受けていた特別工作員。
現地の人間になりすまし、ハーロックの古い知り合いでもあるアイン博士を脅して人工的に自然災害を操作させ、ハーロック達を亡きものにしようとする。
最期はハーロック達にその現場を見られ、台羽正の銃弾に倒れる。

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ルシア
（声：小山茉美）
＜24話＞

　マゾーン看護隊に所属する看護師。
珍しく「白衣の天使」のような心優しいマゾーン。
トカーガの戦士ゾルの息子ゾルバと恋に落ちマゾーン艦隊を一緒に脱走し、ハーロック達に保護される。
だが脱走を許さないマゾーン艦隊に攻撃されるアルカディア号を救うべく、ゾルバと共に流星号に乗って艦を飛び出し、マゾーン艦隊に撃墜される。