なんかね、ここからは自分の想像で話すしかないんですけれども、初号機が巨大な樹になって、ロンギヌスの槍とS2機関が融合することで、神と等価の存在になるわけです。つまり搭乗しているシンジの、人間への愛憎によって、今後人間という種が今まで通り（ATフィールドがあるままで）繁栄し続けれるか、LCLという液状の群体としての形態になるかという審判が決定されるのですね。多分これは地球の元からあった運命ではなく、キール・ロレンツらの人類補完委員会がアダム、リリス、エヴァ、ロンギヌスの槍を利用して計画・遂行している。そして人類補完委員会はシンジが人類を憎んでいると確信していたけれども、しかしシンジは「またみんなに会いたいと思った」と愛の意識を強くして、審判は決定された。つまり以前のままのATフィールドが存在する人間社会の方に決定されたんですね。しかしそれは、シンジとアスカだけが存在する、つまり、また人類をアダムとイヴという最初からやり直す世界だった。…というのが（謎の部分の）私の解釈です。だからラストに関して言えば、シンジが「またみんなと会いたいと思った」事に焦点を当てればハッピーだし、最後にシンジとアスカがお互いを絶望的に拒絶しているところに焦点をあてればバッドとなるでしょう。ただ、エヴァはストーリー構造上どうとでも解釈できるので、やはりこれは私個人の勝手な解釈です。