ピカードの友人、ドナルド・バリーが指揮するU.S.S.ヤマトからの救難信号を受け、ロミュラン寄りの中立地帯に向かうエンタープライズ。ヤマトの日誌をダウンロードし終えた時、ようやくヤマトが視界に入ってきた。
バリーは艦内のコンピューターがシステムダウンしてしまい、じきに全機能が停止してしまうだろうと報告する。そしてヤマトが中立地帯に接近した目的はアイコニアの遺跡がここにあることを確認するためだと説明する。
調査の結果、アイコニアの技術はまだロミュランの手にわたっていないことがわかった。それを阻止するために手を貸して欲しいとヤマトの艦長はピカードに要請する。だが通信が終わらない内にヤマトは爆発してしまう。ロミュラン艦が不意に姿を現した。副長タリスはなぜ連邦艦が二隻もこんな場所にいたのか詰問し、すぐに立ち去るよう要求してくる。なんとかロミュラン艦をなだめたピカードはヤマトになにが起こったのか調査するよう命じる。
やがてラフォージは物質・反物質の爆発がヤマトを破壊した原因である事を突き止める。ピカードはロミュラン艦の攻撃が原因ではない事を知り、ほっとする。だが、バリーが言っていたギャラクシー級の艦船の構造ミスの可能性は否定出来ないという。ピカードは作戦室でバリーの艦長日誌を調べる。ロミュラン艦を避けるため惑星の軌道を廻っていた事、そして彼らがアイコニアの遺跡を調査し、幾つかの人工物を発見した事などが語られていた。
ブリッジに戻ったピカードはヤマトがセンサーに捕らえたプローブについてデイタに尋ねる。なにかの送信機のようなものらしい。ピカードはエンタープライズがヤマトの任務を引き継ぐことを決意する。上陸班がアイコニアに送られる事になった。作戦室でウェスリーがピカードとアイコニアについて話している。ピカードはフードレプリケターに紅茶を注文するが、出て来たものは鉢植えだった。エンタープライズのコンピューターも調子が悪くなってきたようだ。そして、ロミュラン艦も同じ事態に陥っているらしかった。
ピカード、デイタ、ウォーフがアイコニアに向う。惑星表面にある遺跡の中には、様々な風景を一定周期でつぎつぎに移し出す窓のようなものと幾つかの装置があった。ふいにプローブがエンタープライズに向けて発射される。ピカードは調査のため、それを回収するように命じる。その時、ラフォージはプローブにエンタープライズのコンピューターを狂わせるプログラムが搭載されている事に気付く。ヤマトの爆発もこれが原因だった。すんでの所でプローブは破壊された。ヤマトの日誌をダウンロードした時にエンタープライズのコンピューターもその影響を受けたらしかった。
遺跡ではデイタが装置の文字の解読に成功し、ここが瞬時に様々な場所に移動出来る装置の部屋である事がわかった。だが、デイタも装置から発射された光線の影響でプログラムを書き換えられ、動作を停止しつつあった。ピカードはこの遺跡がロミュランの手に渡らないよう破壊する事を決心する。デイタの「プローブ」という一言から、プローブを惑星内に発射すれば遺跡を内部から破壊できそうだと思い付く。ピカードはウォーフにデイタと共に艦に戻る事を命じる。そしてピカードは装置を操作し、プローブを発射した。ねらいは的中し、遺跡全体が大きく揺れはじめる。ピカードはタイミングを図りかねるが、意を決して移動装置に飛び込む。
艦に戻ったデイタが意識を回復した。機能を停止したことで自己修正プログラムが働いたようだ。デイタはライカーにエンタープライズも一度コンピューターを停止させ、ヤマトの日誌を消去すれば機能を回復出来るはずと提案する。機能を停止している間ロミュラン艦の攻撃を受ける危険もあったが、デイタの提案を実行し、無事、艦のコンピューターは正常に戻る。あとはピカードを回収するだけだ。
スキャンの結果ピカードはロミュラン艦にいることが判明する。いきなり現れたピカードに驚くロミュラン人たち。タリスはどうやって乗り移ったのかと尋ねるが、エンタープライズのオブライエンはすかさずピカードをロックオンし、回収する。
ライカーはロミュラン艦にコンピューターの回復方法を教え、エンタープライズは軌道を離脱する。そして惑星の表面では遺跡が爆発をはじめた。