取り込む画像に着色をしないこと、
残す線（輪郭等）と消す線（シャドー、ハイライト等）の色分けをしておくこと、
解像度は上げられないので高解像度で取り込むこと、
でしょうか？コツというほどのものでもありませんが。

一応、アドビ・フォトショップを使用するという前提で書きました。
バージョンはやっぱり新しいのがいいかとは思いますが、
個人で買うには値段が高すぎますので、ＬＥで充分かと思います。

また、ホームページに載せる画像を作るとき、
それをＦＬＡＳＨやイメージマップとして用いるならば、
アドビ・イラストレーターを使用したほうがよい場合もあります。

えっと、今回は取り込むときの注意点みたいなことを書きましたが、
他にも何かあれば、聞いてください。
プロではないのでかなり怪しいと思いますが（笑）