＞「公爵邸も留守を見計らっての占拠だぞ！！」
会いに行ったわけではないと思いますね。
要求が政治犯の釈放と法王の退位にありましたが、どう考えても飲まれる要求じゃありません。
テロリズムに対しては絶対に屈しないという姿勢を法王庁・VKPが貫いていることを考えるとなんらかの口実があったのではないかと。
仮設を幾つか。
１、ジョシュアの救出
既に公爵と教団の関係はVKP側にもれていた（資金源の繋がり）ことを考えると近いうちに強制捜査が入っただろう。それを否定するために襲撃という形を取った。この場合は公爵本人の保身というよりは公爵家が取り潰されないようにするのが狙い。
２、教団内の不必要な人員の処分
全員が果たして魔に感染していたのかどうか、それは否だろう。魔に感染していた者（幹部クラスとしよう）は襲撃後レアモンデに、その他は公爵邸で死んでもらう。レアモンデに彼らが向かったのは牧場たるレアモンデに終止符を打つ、乃至はアシュレイへの移譲が狙いだった。そしてそれに伴い公爵の裏の仕事を担当していたと思われる教団そのものにも終止符を打とうとした。魔を持つものは最後の戦いに必要だが、それ以外の凡人は組織を徒に残す要素となるので『鍵を探し』てそれに殉ずるという方法で煽動した。前２点の要求も普通の教団員を粛清してもらうために法王庁を挑発したとも取れる。

＞公爵が教団を裏切る
これは多分シドニーと公爵の間では了解事項だったのでは？
事情を知らない人間からすればそうかもしれませんが、上記２の理由を考えれば法王庁に情報をリークする必要があると考えます。

＞オープニングのシドニーの言動
これはアシュレイに真実を教えてやる必然性がそのときなかったから、表面上対立を装ったのではないでしょうか。
＞公爵とローゼンクランツ
公爵はローゼンクランツがシドニーに勝てないことが分かっていたからあのような大言がローゼンクランツに言えたのだと思います。
つまりみんなウソつきまくってたということじゃないですかね（爆）。
真実を知っていたのは結局公爵とシドニーだけ。
ローゼンクランツでさえ結局鍵のことでシドニーにだまされたわけですから。

＞シドニーの四肢
鍵を手に入れるためにそれが必要だったというのはどうでしょうか。
あれは単なる刺青じゃないですよね（爆）？
でも皮膚をひっぺがしてギルデンスターンが手に入れてたな。

全体的にみてやっぱ説明不足ですよね。
色々と書き殴ったりしましたけど、バイオ系のゲームに乗っけるシナリオにしては重すぎる。そのくせ説明が足りないからよく分からないという展開方法としては拙いことになっていると感じます。