ここでは、ゲーム・アニメ・コミックス等での描写から、ポケモンの起源・生態系・食料問題など、ポケモン自体に直接かかわる事項についての考察をしていきたいと思います。
やさしいにほんごのページは、こうじちゅうです。
ポケモンはどこから来たのか？ どのように生まれ出たのか？ そもそも地球の生物なのか？ なぜあのような姿形、能力をしているのか？
「小説」では、ある夜とつぜん、我々が知るそのままの形で、ぽん、と現れた、ということになっているが、公式見解といえるものではなく、ポケモンの起源は、いまだ謎につつまれている。 ここでは、仮説のいくつかを紹介したい。
＞太陽系近傍での超新星爆発！
＞地球環境の激変と大量に降り注いだガンマ線により、地球生命は飛躍的に進化！！
＞人は彼らを”ポケットモンスター”と呼んだ！！！
＞というのを冗談半分に考えたことがあります（笑）
＞まあ、プテラやオムナイトの化石もあることだし、
＞あの世界にポケモンは最初から居たと考えるのが自然でしょうね(^^;
＞(特にアニメの)ポケモンって、「温暖化で海面が上昇した未来の日本」
＞を舞台にしてるんじゃないかと。
＞「されば天地怒り、世界は破滅に向かう」ではないけれど、
＞ポケモン中心に生態系が成立するくらいに人間も少なくなってるみたいだし、
＞きっと何か「重大な天変地異」があったのだろう。
＞ポケモン達は、その環境の激変から「何かに隠れて」身を守ることを覚え、生き延びた。
＞...なんて。
＞(このあたり、「研究所」のこといさんの論文と同じ結論にたどりついてますが)
＞そして「隠れる」ことを覚えられなかった生物は、生き延びられなかった。
＞だから今、あの世界にはポケモン(と人間)しかいないのかもしれない。
（ご意見：せりさん）
＞ポケモンは私も、元々は、何らかの人為的に
＞作られた生物だったと思います〜！！
＞今の世界より、物凄く未来の世界で、その世界では、
＞元々いた普通の生物が、存在はしていても、ほとんど滅んでしまってると思うんです〜
＞（小説で、昔はイヌという生物がいたみたいな事が
＞書いてありましたし・・）変わりに、その穴をうめるような形で、
＞ポケモンが生態系を支配してるんじゃないかなあ・・って思います。
＞（哺乳類が恐竜の変わりに、繁栄してるように？？）
＞かろうじて、残っている、普通の動物も滅び行く運命に
＞ある・・とか！？やっぱり、他の方がおっしゃるとうり、
＞何か劇的な、環境の変化があって、普通の動物は
＞適応できなかったけど、特別な生物のポケモンだけは生き残れ
＞たのかなって・・考えてました！
＞２００万年前に人間が
＞故郷である地球から（崩壊したか何かの理由で）
＞やって来て植民星にしてその際その星にいた生物を
＞戦争で巻き添えにしてしまった。残った生物の遺伝子をベースに
＞あれこれ復活させ、地球から持ってきたサンプルと合成して
＞作ったりしたらポケモンになって、そのまま生態系を作るに至った。
＞これら全ての鍵は南極に在り。
＞何か引っ掛る人いるでしょうか、他のアニメからの引用です。
「ムーピー」というのは手塚治虫の漫画「火の鳥」に登場した、どんな生物にでも変身でき、かつその生物との子孫を残せる宇宙生物の名前ですが・・・メタモンに似てませんか？
そういう生き物がある日大昔の地球にたどりついて、そこでもともといた生き物たちと交配して、いろんな姿形をした子孫を残した。 それがポケモン達なのでは。 そして、現在でもメタモンを通したいろいろな交配や突然変異によって、ポケモンの種類はふえつづけているのでは・・・という説ですが、欠点だらけですね。（＾＾;）
ポッポとかコラッタとか、普通の生物とそっくりなポケモンの説明はつくけど、コイルやイワークなんか鉱物系のポケモンの説明はつかないし、そもそも元になるメタモンが、どこでどう進化して、どのように地球にやってきたのか、が全然説明できないし（＾＾;）
ま、こんな考えも、てなことであげてみました。 ・・・んですが、この説に強力な援護が！ (2001.9.11)
＞古代、別の惑星、もしくは別の次元からメタモンと近しいポケモンの『原種』が、地球(便宜上そう呼称する)の様々な地域に到来。
＞新天地の環境に適応する為、その地域にいた原住生物と似たような形態を模倣する。
＞これは我々の世界の生物による『収斂進化』に近い物だと思われるので、ここではそう呼称したい。
＞そのため、現住していると予想される生物と似通った外見を持つに至った。
＞その模倣の対象は無脊椎、脊椎動物のみならず、植物、鉱物までも含まれた。
＞(鉱物が対象に選ばれたのは、高山、砂漠、極地、地殻内等生物が極めて少ない環境にも原種が到来したと仮定する)
＞これにより『ポケルス』も原種がウイルスを模倣したポケモンの一種とも説明できる。
＞(原種が故郷から侵入させた病原体、との説もありえるが…)
＞形態の進化は、おそらくは遺伝子の進化も呼び起こしたのではないかと考えられる。
＞このことは『電撃ピカチュウ』内で『ピッピとピクシーの遺伝子形状の違い』が述べられていた事を根拠とできる。
＞が、あるていどの近似種であれば遺伝子の形状が合致し、子孫を残す事ができるのは、現時点で容易に確認できる。
＞(ここで『違う遺伝子が混ざり合う事で混血亜種が生まれないのか？と言う事に関しては、ポケモン遺伝学の範疇なのでここでは割愛する)
＞このことで『全てのポケモンと交配が可能』な現生メタモンがポケモンの原種であるという説がますます裏打ちされてきたと実感できる。
＞伝説のポケモン、と言われる存在とメタモンの間に子孫が生まれないのは
＞伝説のポケモン、と言われる存在が、原種の遺伝子の形状を留めていないほど進化したという説をここで提唱しておく。
＞ここで出てくる疑問は『ひとがたポケモン』であるルージュラや、
＞『ようせいポケモン』であるピッピは何を模倣したか、という点であるが、
＞これは『古代に絶滅した原住民族』を模倣したと言う事で解決できる。
＞その土地の環境変化か、もしくは帰化生物であるポケモンとの生存競争に敗北し
＞原住民族は絶滅し、環境の変化に強く、特殊能力を持ったポケモンのみが選ばれた…と。
＞以上の説をもってしても説明がつかないポケモンが数種存在するが、以下カテゴリーに分け説明する。
＞・明らかに人為的な外見を持ったポケモン(コイル、ポリゴンなど)
＞現生メタモンの『へんしん』は一瞬で行なわれる。
＞(『１ターン』という時間がどれだけの刻みかは定かではないが)
＞これは『原種は現在も確実に到来している』ということでまとめたい。
＞原種メタモンの収斂進化には時間を必要としないのである。
＞もしかすると今後、ルージュラ以上に人間に近い『にんげんポケモン』の出現もありえないとは言えない。
＞その時はニンゲンという種族の終焉の時なのかもしれないが…。
＞・アンノーン
＞しばしば『言葉は生命を持つ』と言われる。
＞文字も言葉も進化していくものなので、それを原種が模倣したと考えても特に問題はないであろう。
＞・ゴーストポケモンと呼ばれる一族
＞筆者は霊の存在を信じていないので、これは多くのＳＦにも登場する『ガス状生命体』を模倣したのではないかと考えたい。
＞ゴーストポケモンと言う名称は、後にそれを見た人間が、人間の伝承・宗教に存在する霊の存在と混同したのではないか、と思われる。
＞(これ以降は『ポケモンと民間伝承』の論文で提唱したい)
＞他のポケモン起源説を提唱している学者も多々いるが、この説が今後ポケモン学会のセオリーとなってくれる事を期待している。
すごいです！！ｏ（＾＾；） アンノーンとか、多少ツッコミどころはあるにしろ、ワタシが「このへんは弱点だな〜」と思ってたポイントが、見事に説明されています！ ポケモン遺伝学やら、ポケモンと民間伝承の論文とか、ぜひぜひ拝見したいですね〜！！
求む、ご意見！！