ＳＦＣ版のシナリオの書き換えについて教えてください。
製作会社のクエストの方に電話で問い合わせたことがあるのですが、
本当にそんなことが出来るのでしょうか？
知っていたら誰か教えてください。

クエストさんの方でどのようなお返事があったのかわかりませんが、ＲＯＭデータ。エミュレーター等のデータが見られる状態であるならばシナリオというよりＲＯＭの書き換えは可能かも知れませんね。
それでも、たとえばドラクエ�V等は、ハックなさっている方はいますが、シナリオまで変えている人は知りません。
現存のＳＦＣ版では不可能かと思います。