クエストさんの方でどのようなお返事があったのかわかりませんが、ＲＯＭデータ。エミュレーター等のデータが見られる状態であるならばシナリオというよりＲＯＭの書き換えは可能かも知れませんね。
それでも、たとえばドラクエ�V等は、ハックなさっている方はいますが、シナリオまで変えている人は知りません。
現存のＳＦＣ版では不可能かと思います。