私も今ちょうどフォトショップ（画像処理ソフトの大御所）を勉強し始めたところです。

まずは自分で白紙に絵を描いてスキャナで取り込みます。
次に、取り込んだ画像ファイルを、画像処理ソフト上で開いてカリカリやるんです。
他にもデジカメで撮ったヤツをカリカリできます。

紙に描かなくても、タブレットというペン型の入力装置で描くこともできます。
マウスでも描けますが、鉛筆で描いても上手くいかないのに、どうしてマウスで上手く描けるんだ！って一人で叫んでます(T_T)

色塗りは、塗りたいところを指定してレイヤーがうんたらかんたらで（勉強中）細かく一個一個部品に分けて塗っていくんです。
右目、左目、髪の毛１、髪の毛２、とか・・・

この作業は時間がかかりますし、よっぽど好きじゃないとできませんねぇ(~ヘ~;)