こんばんは。えーっと各ソフトの違いですけどSFCを基点に話しますね。

PS版はBGM/SEの音質がかなり悪目です。サンプリングを多用しているのですが、
なんというか軽い。音に関してうるさくない人でも気になり出すと気になります。
SS版はBGMがクリアーです。編曲も音楽CDの「全曲集」の物を使っているみたいで
アレンジがMIDI音源版と同じです。SEに関して言うとSFCとどっこいではないでしょうか。

ロード時間はSSもPSもうざったいです。ロード回数が若干少ないSS有利か。

伝説でもそうでしたが、PS版は目立たないデータに省略が多いです。
天候による魔法の修正などが省略されています。解析したわけではないので
具体的には語れませんが、SS版は概ねオリジナルに近い形で移植されています。

PS版は戦闘中にセーブできます。SS版はSFC版と同じく「中断」は出来ますが
戦闘中セーブは出来ません。出したいカードや財宝がある場合セーブロードが容易なPSは便利でしょう。
また、PS版はメモリーカード1個につき１５カ所もセーブ可能ですが、SS版はロムカセット1本につき３カ所
しかセーブできません。データが飛びやすいと言う欠陥もあります（これはハードの抱える致命的な問題です）。

編成画面のカスタマイズはPS版が優れています。これはNo1以外のユニットナンバーを
プレイヤーが任意に付け直すことができるので、出撃の時などストレスが軽減されます。
SS版はSFC版と同じです。その他、PS版はユニットの殺害数にマスクがかかってないので
テラーナイトを作るときなど気持ち便利です。

シナリオは全て共通ですが、SS版の「喋る」仕様に会わせてプレイヤーが任意に命名できる単語
「デニム」や「神竜騎士団」が省略されていたり、別の言葉に言い換えられたりしています。
個人的にはCルートのヴァイス処刑イベントの「助けてくれッ！デニムッ！」が単に「助けてくれッ！」
に変更されていたのはヴァイスの微妙な心理を感じる名場面だっただけに残念でした。

上にも書きましたがSS版は声優が声を当てています。基本的にはウォーレンレポートに載るような
イベントのみ喋って、戦闘開始前のボスの台詞などは喋りません。
ただ、期間的な問題か容量的な問題か、喋るイベントと喋らないイベントがあり、何だか訳のわからない
仕様になっています。期待しすぎるとガッカリするでしょう。
（キャスティングは悪くありません。ベテランの声優さんが多いです。）

その他SS版には敵専用ユニットをオウガブレードで仲間にできる裏技があります。
テンプルコマンド数人と暗黒カチュア、ドルガルア王などがスナッチ可能です。

ただ現在SS版ソフトは極めて入手困難なため、SFCの書き替えかPS版になってしまうでしょう。
サターンは本体が中古で3000円以内で入手できるはずなので、ソフトを見かけたら買っておくのも
手かも知れませんね。

概ねこんな所でしょうか。