Ｌ２章でレオナールがロンウェーを暗殺しようと言ってきました。
賛成と反対でストーリーは変化しますか？

その選択ではどちらを選んでもストーリーに変化はありません。
結局ロンウェーは死にますし、デニムがレオナールに引導を渡す事になります。
台詞が多少変わったりはしますが・・・。
あと、「それは僕の役目だ」と言うちょっと傲慢な選択をするとユニオン内のウォルスタ人の忠誠度があがるはずです。

ストーリーは変化しません！ただ反応が違うだけです。
て、言うか公爵暗殺にはどう考えても賛成だと思うけど・・・。