こんばんは。
どうも、これはアイテム入手時に起こるバグのようです。
アイテム管理データに何かの矛盾が発生すると出るようです。
改造関係の人たちに対する制作サイドの嫌がらせでは無いかと思っているんですが・・・。
新たにアイテムを入手した時、例えばスナッチ剣を作った時などに発生するようで、特徴としては新たに入手したアイテムの個数が０/０になっていたりするようです。

サターン版だけの特殊なバグというワケではなさそうですが（ＰＳでも希に起こるらしいです）サターンで頻繁に起こることは事実です。
サターン版はデータ管理が甘いですからね・・・。