キーワード「bonds」で結合軌道の電子密度を計算して種々化合物の結合の強さを知る
２.モデル
種々化合物として 天然化合物/ポリマーの単量体またはダイマーの脂肪酸/アルコールが アルミニウムに配位した化合物についてＭＯＰＡＣ７の計算を行い、結合軌道の電子密度を求める。ダイマーについては head to tail で付加した分子を考える。
３.方法
@ ghemical で分子を素描し、compute > geometry optimization で力学的構造最適化した後、右クリックで file > export でＭＯＰＡＣ７用の internal 座標の text file を作る。
A ３-@で作成した file の先頭３行を空白行としてその開始行に「PM3 EF PRECISE BONDS」なるキーワードを入力する。
B 出来た内容を file [FOR005] にコピーし、ＭＯＰＡＣ７ を起動する。
C 「FOR006」 に結合軌道の電子密度の計算結果が示されている。
４.結果
計算結果を下表に示す。 略称の説明は項目５に示す。
@ Gluc-ALを見るとエーテル結合の結合力が強いことがわかる。
A ＩＡとＭＡの場合、２配位した時に結合が強くなっていることがわかる。
両者ともに７員環でＡＬに配位しており、安定な構造を作っている。
B この例ではダイマーのＡＬ非結合モノマーが変化してもＡＬ結合に大きな変化は見られなかった。
５.略称
