MS-14はその性能とコストの高さから生産が思うようにはかどらず、実戦配備に大きな支障を起こしていた。そして空洞化した06生産ラインも放置するわけにはいかないものの、その広大な施設の維持は莫大であり、稼動させた方が賢明だと判断されたのである。
そのためR型開発チームは新しいプランを打ち出した。要求されたのはMS-14のスペックを持つ機体であり、、研究用として残されたMS-06R2型をベースに生産工程に影響の無い箇所を打ち出し開発期間の縮小を図るため、開発中であった「YMS-14 先行試作型」のパーツを組み入れて開発されたのがこのMS-06R3であった。
