ワープと飛行の最大の違いは移動コスト2のパネルを完全無視出来るか出来ないかだと思います。例えば移動力6の飛行ユニットが移動しようとしたとき、6マス目が移動コスト2のパネルだとそこには移動できません。移動コスト2のパネルは地形効果が低いので接近戦では大きな意味はないですが、湿地で敵との距離が離れているとき等はワープのほうがいいかも。