海上で戦闘のスペシャリストであり、輸送力は陸上の何倍もの力を発揮することができる。俗に海賊とも呼ばれるが海を領土と考え、制している海域を通る船から通行税などを徴収して、おもな収入源としていたようだ。当然だが通行税を拒否する様なら、武力を誇示して襲い掛かることも珍しくなかった。

また海の合戦ではその力が最大限に威力を発揮していた。当時の戦国大名は自前で水軍を組織するのは珍しく、専ら各地の水軍衆の力を借りていたのである。日本のほぼ半ばを制した織田信長は、志摩の九鬼水軍の力を借り、中国地方の覇者毛利氏は、瀬戸内海を制していた村上水軍をその組織に組み込んでいた。
これらの水軍に言える事は、名目的に各大名の旗下に組み込まれていても、自立性は保証されていた。

戦国大名は水軍を利用して、物資の運搬から海上からの合戦に、水軍側でも通行税の確保は保証されていた様に、お互いに利用し合っていたのでしょう。