時は現代、東京の同じ高校に通う双子の兄妹、アスカとマヤ。２人は古代遺跡研究家の両親と、ごく普通の生活を送っていた。

ところが、ある日を境に２人は、同じ不吉な夢を見るようになり、それがまさしく現実となってしまった。１万年の時を経て古代国家アトランティスがかつて滅び去った世界各国の古代文明と共に、７つ化け物を復活させたのだ。

アトランティスの未知の兵器を前に、現代の科学ではなす術がなかった。たちまち戦火が世界を覆い､ついに魔の手は日本にまで及んだ。アスカ達の両親も巻き込まれてしまい、息を引き取る寸前に２人はある真実を聞かされた。自分達は本当の両親ではなく、１７年前遺跡発掘のために訪れた無人島で、古代ムーの民によって作られたオーラウィングと、その中の生命維持装置で生き残っていた、赤ん坊のアスカとマヤを発見したということを――――。

そう、２人とは１万年前にアトランティスと最後まで戦った、ムーの勇敢な戦士の子供だったのだ。

アトランティスが復活した今、自分達の使命に目覚めたアスカとマヤ。

他に人類を救える者はいない！

２人は未知なる力を秘めた２機のオーラウィングに乗り込み、暗雲立ちこめる大空へと飛び立った。