Rはルビー、Sはサファイア。Eはエメラルド(基本的におまけ)を表す。再戦トレーナーについては基本的に5回戦目以降。

ポケモン 他の増分 出現場所/使用トレーナー   ポケモン 他の増分 出現場所/使用トレーナー
HP    攻撃
マリル   112番道路水上など グラエナ   四天王 カゲツ
マリルリ   浮き輪ガール アユミ アブソル   四天王 カゲツ
トドグラー   四天王 プリム サメハダー   四天王 カゲツ
オニゴーリ   四天王 プリム ダーテング   四天王 カゲツ
トドゼルガ   四天王 プリム ノクタス 特攻 1 四天王 カゲツ
ゴニョニョ   カナシダトンネルなど ジュペッタ   四天王 フヨウ
ケムッソ   トウカの森など ヤミラミ 防御 1 四天王 フヨウ
キノココ   トウカの森 フライゴン 速さ 2 四天王 ゲンジ
ナマケロ   トウカの森 ボーマンダ   四天王 ゲンジ
バクオング   ギタリスト テリー アーマルド   RSチャンピオン ダイゴ
バクオング (特攻 2) インタビュアー(組レアコイル)  ドードリオ   トライアスリート ツヨシ/サエコ
        コノハナ   R114番道路
        ザングース   R114番道路
        カゲボウズ   SEおくりび山
        ワンリキー   112番道路など
防御    特攻
ゴローン   山男 ケンサク
Eマグマ団アジト
パッチール   113番道路
ゴローニャ   山男 ケンサク マグマッグ   E113番道路
サマヨール 特防 2 四天王 フヨウ レアコイル   トライアスリート ショウコ/ヒデアキ 
ヤミラミ 攻撃 1 四天王 フヨウ ドンメル   112番道路など
コモルー   四天王 ゲンジ コイル   ニューキンセツ
エアームド   RSチャンピオン ダイゴ
113番道路
レアコイル (HP 3) インタビュアー(組バクオング)
ボスゴドラ   RSチャンピオン ダイゴ アゲハント   (秘密基地推奨)
メタグロス   RSチャンピオン ダイゴ フーディン   サイキッカー シホミ/カオル
サンド   113番道路など ルナトーン   サイキッカー シホミ
ヨマワル 特防 1 Rおくりび山 クサイハナ   アロマなお姉さん ヤヨイ
パールル   水中 ロゼリア   アロマなお姉さん ヤヨイ
カラサリス   トウカの森 ノクタス 攻撃 2 四天王 カゲツ
マユルド   トウカの森        
特防    素速さ
メノクラゲ   捨てられ船など マッスグマ   118番道路など
お坊ちゃまミツグ/お嬢様レイカ
短パン小僧 カズキ
ドククラゲ   捨てられ船など ジグザグマ   118番道路など
チルット   114番道路 ライボルト   118番道路
ハスボー   SE114番道路など ラクライ   118番道路など
ハスブレロ   SE114番道路 キャモメ   118番道路など
サマヨール 防御 1 四天王 フヨウ ズバット   RS目覚めのほこら入り口など
Eへんげの洞窟
チルタリス   四天王 ゲンジ ゴルバット   RS目覚めのほこら入り口など
ネンドール   RSチャンピオン ダイゴ  スバメ   104番道路など
ユレイドル   RSチャンピオン ダイゴ オオスバメ   短パン小僧 カズキ
ヨマワル 防御 1 Rおくりび山  ヤルキモノ   短パン小僧 カズキ
ドクケイル   (秘密基地推奨) フライゴン 攻撃 1 四天王 ゲンジ
        ビリリダマ   ニューキンセツ